Il comune di Botrugno si estende per 9,68 km² nel versante sud-orientale della provincia di Lecce. Presenta una morfologia pianeggiante ed è compreso tra gli 83 e i 114 metri s.l.m. con un'escursione altimetrica complessiva pari a 31 metri. La parte meridionale del territorio comunale rientra nel Parco dei Paduli, un'area rurale caratterizzata da un paesaggio dominato prevalentemente da estesi e maestosi uliveti e nella quale sopravvivono numerose specie vegetali e animali; è il caso di alcuni esemplari di querce secolari, traccia dell'antico bosco di Belvedere.
Confina a sud e a est con il comune di San Cassiano, a sud-ovest con il comune di Supersano, a nord-ovest con il comune di Scorrano e a nord-est con il comune di Sanarica.
